محمد خاتمی،رئيس جمهور دوره اصلاحات گفت که"به صراحت تأکید می کنم حذف دلبستگان به انقلاب با این عناوین و روشهای بی اساس که از سوی جریانی خاص دنبال می شود بزرگ ترین توطئه علیه جمهوری اسلامی است و نتیجه آن سوق دادن نیروهای اجتماعی به سوی جریاناتی است که با اصل انقلاب و نظام در تعارض اند." خاتمی همچنین گفت که"هر کسی که پایبند عملی به قانون اساسی است و اعلام می کند که می خواهد در چارچوب قانون عمل کند هر چند که نظرات متفاوتی داشته باشد، او از همه حقوقی که برای یک شهروند در نظر گرفته شده، از جمله شرکت در انتخابات، رای دادن، رای گرفتن و ... باید برخوردار باشد و اگر نیست یک انحراف از جریان است، چه برسد به این که کسانی می گویند نه تنها ملتزم به قانون اساسی هستیم، معتقد به قانون اساسی و معتقد به اصل نظام جمهوری اسلامی هستیم. این ها ممکن است حذف شوند از جامعه." رییس جمهور اصلاحات تاکید کرد که"من معتقدم کسی که معتقد هم نیست ولی در عمل ملتزم است، باید زمینه را فراهم کنیم که در جامعه فعال شود، حضور داشته باشد و از جامعه حذف نشود." سيد محمد خاتمي به مناسبت سالروز صدور پیام روشنگرانه امام خمینی مشهور به "منشور برادری " طی گفت‌وگویی با پایگاه اطلاع رسانی و خبری جماران، گفت: امام معتقد بودند که سلایق مختلف باید وجود داشته باشد. حتی به صراحت اعلام کردند که کسی که با اصل نظام مخالف است، او در این مملکت آزاد است و باید امنیتش تامین شود، مگر این که دست به سلاح ببرد یا توطئه‌ای کند که بخواهد به زیربنای نظام آسیب بزند که البته هیچ نظامی هم این را نمی‌پذیرد. این استثنایی است که امام مطرح می‌کنند. ایشان حتی برای مخالفان نظام و مخالفان فکری مبنای نظام هم حق حرمت و حق شهروندی و آزادی و امنیت قایل هستند.
